1、要兼顧建設(shè)投資和運行費用要平衡初次投資和運行費用之間的關(guān)系，不能只追求很低的初投資，應進行詳盡的評估后選擇合理的設(shè)計方案。同時主管部門要考慮區(qū)域性合理布局，充分考慮建成后利用率，以免造成不必要的浪費。

2、慎重選擇設(shè)計和施工單位
生物安全實驗室的建設(shè)是一個復雜的系統(tǒng)工程，沒有建設(shè)過高級別的生物安全實驗室或者對生物安全實驗室不甚了解，很難建造出合格的生物安全實驗室。目前生物安全實驗室建設(shè)市場魚目混雜，在選擇設(shè)計和施工單位時應慎重。
3、充分考慮各種因素
如北方的一些地區(qū)，由于沙塵天氣多，往往會造成過濾器生命周期短的現(xiàn)象，在運行過程中需要頻繁更換過濾器，如果建設(shè)中加裝價值較低的粗過濾器可緩解這種狀況。

4、排風系統(tǒng)必須加裝高效過濾器，不能僅僅采用高空排放。如果簡單認為高速排放就是排風管中的風速要超過13m/s，容易造成排風阻力大，達不到要求的排風量，室內(nèi)很難保持要求的負壓，或者排風機壓力加大，噪音和電耗也同時加大。
5、要重視工程檢測
生物安全實驗室竣工后，首先應經(jīng)過國家授權(quán)檢測機構(gòu)的檢測，這是很重要的環(huán)節(jié)。檢測內(nèi)容應包括實驗室的嚴密程度、各個房間之間的負壓值、空氣氣流流向、高效過濾器檢漏、潔凈度級別、自控系統(tǒng)等多個方面。三級生物安全實驗室的建設(shè)是一個復雜的系統(tǒng)工程，我國已經(jīng)出臺或即將出臺一些生物安全實驗室建設(shè)的規(guī)范和標準，從多個方面規(guī)范其設(shè)計、建造、檢測、驗收的整個過程。生物安全實驗室的建設(shè)也將向著標準化、安全性和實用性的方向發(fā)展，為我國的科研醫(yī)藥、生物技術(shù)、疾病控制和防疫檢疫事業(yè)的發(fā)展創(chuàng)造良好的環(huán)境。